变造金融机构经营许可证罪法院的判罚标准：
1、触犯本罪的，法院一般判处3年以下有期徒刑或拘役，并处或单处2-20万元的罚金；
2、如果存在严重犯罪情节的，判处3-10年有期徒刑，并处5-50万元罚金；
3、如果单位犯本罪则对其判处罚金，并对其直接责任人员依照个人犯罪的规定处罚。
《刑法》第一百七十四条
未经国家有关主管部门批准，擅自设立商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。
伪造、变造、转让商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构的经营许可证或者批准文件的，依照前款的规定处罚。
单位犯前两款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照第一款的规定处罚。
