商标使用许可合同未备案有效。根据相关法律规定，当事人转让其注册商标的，应当依法订立书面合同，该合同可以申请转让备案。若不依法备案的，不得对抗善意第三人。
《中华人民共和国商标法》第四十三条
商标注册人可以通过签订商标使用许可合同，许可他人使用其注册商标。许可人应当监督被许可人使用其注册商标的商品质量。被许可人应当保证使用该注册商标的商品质量。
经许可使用他人注册商标的，必须在使用该注册商标的商品上标明被许可人的名称和商品产地。
许可他人使用其注册商标的，许可人应当将其商标使用许可报商标局备案，由商标局公告。商标使用许可未经备案不得对抗善意第三人。
《中华人民共和国商标法实施条例》第六十九条
许可他人使用其注册商标的，许可人应当在许可合同有效期内向商标局备案并报送备案材料。备案材料应当说明注册商标使用许可人、被许可人、许可期限、许可使用的商品或者服务范围等事项。
