农村合作医疗的办理程序需要下列材料：当事人的户口簿；二代居民身份证原件和复印件等材料。当事人可以先到户籍所在地的村（居）委会申请参保；然后由村（居）委会审核；再上报乡镇劳动保障事务所；最后上报县农保中心。
《国务院办公厅转发卫生部等部门关于建立新型农村合作医疗制度意见的通知》第一条
新型农村合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
第二条
（一）新型农村合作医疗制度一般采取以县（市）为单位进行统筹。条件不具备的地方，在起步阶段也可采取以乡（镇）为单位进行统筹，逐步向县（市）统筹过渡。
（二）要按照精简、效能的原则，建立新型农村合作医疗制度管理体制。省、地级人民政府成立由卫生、财政、农业、民政、审计、扶贫等部门组成的农村合作医疗协调小组。各级卫生行政部门内部应设立专门的农村合作医疗管理机构，原则上不增加编制。
