大病医疗专项附加税的申请办法：在一个纳税年度内，对于纳税人发生的与基本医保相关的医药费用支出，如果在专项扣除的范围内的，纳税人可以准备好医药服务收费及医保报销的相关票据原件，向社保经办机构申请附加税扣除。经申报经办机构受理并核准的，就可以予以扣除。
《国务院关于印发个人所得税专项附加扣除暂行办法的通知》第十一条
在一个纳税年度内，纳税人发生的与基本医保相关的医药费用支出，扣除医保报销后个人负担（指医保目录范围内的自付部分）累计超过15000元的部分，由纳税人在办理年度汇算清缴时，在80000元限额内据实扣除。
第十二条
纳税人发生的医药费用支出可以选择由本人或者其配偶扣除；未成年子女发生的医药费用支出可以选择由其父母一方扣除。
纳税人及其配偶、未成年子女发生的医药费用支出，按本办法第十一条规定分别计算扣除额。
第十三条
纳税人应当留存医药服务收费及医保报销相关票据原件（或者复印件）等资料备查。医疗保障部门应当向患者提供在医疗保障信息系统记录的本人年度医药费用信息查询服务。
