发明专利申请实质审查进行的方式：自申请日起三年内，国务院专利行政部门根据申请人随时提出的请求，或国务院专利行政部门自行决定，对其发明专利的新颖性、创造性、实用性等实质内容予以核实。若符合法定审查标准的，应当予以授权，并发给专利证书。
《中华人民共和国专利法》第三十五条
发明专利申请自申请日起三年内，国务院专利行政部门可以根据申请人随时提出的请求，对其申请进行实质审查；申请人无正当理由逾期不请求实质审查的，该申请即被视为撤回。
第三十六条
发明专利的申请人请求实质审查的时候，应当提交在申请日前与其发明有关的参考资料。
发明专利已经在外国提出过申请的，国务院专利行政部门可以要求申请人在指定期限内提交该国为审查其申请进行检索的资料或者审查结果的资料；无正当理由逾期不提交的，该申请即被视为撤回。
