妨害动物检疫罪的立案标准为：造成国家规定的动物疫病传入或危害人体健康公共安全的其他疫病在国内爆发的；造成国家规定的有害生物传入对农林业和生态环境以及人体健康有危害的生物在国内扩散的。应以妨害动物检疫罪立案。
《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）的补充规定》第五十九条
违反进出境动植物检疫法的规定，逃避动植物检疫，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）造成国家规定的《进境动物一、二类传染病、寄生虫病名录》中所列的动物疫病传入或者对农、牧、渔业生产以及人体健康、公共安全造成严重危害的其他动物疫病在国内暴发流行的；
（二）造成国家规定的《进境植物检疫性有害生物名录》中所列的有害生物传入或者对农、林业生产、生态环境以及人体健康有严重危害的其他有害生物在国内传播扩散的。
