参加恐怖组织罪的惩罚有：若为恐怖活动的组织、领导人，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并没收财产；为积极参加的，处三年到十年的有期徒刑，并处罚金；其他参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，可以附加罚金。
《中华人民共和国刑法》第一百二十条
组织、领导恐怖活动组织的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处没收财产；积极参加的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；其他参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，可以并处罚金。犯前款罪并实施杀人、爆炸、绑架等犯罪的，依照数罪并罚的规定处罚。
