实质审查期限是三年。但有特殊情况的除外。根据相关法律规定，当事人申请发明专利的，自申请日起三年内，国务院专利行政部门根据当事人申请，或国务院专利行政部门认为必要的时候，应当依法进行实质审查。
《专利法》第三十五条
发明专利申请自申请日起三年内，国务院专利行政部门可以根据申请人随时提出的请求，对其申请进行实质审查；申请人无正当理由逾期不请求实质审查的，该申请即被视为撤回。
国务院专利行政部门认为必要的时候，可以自行对发明专利申请进行实质审查。
第三十九条
发明专利申请经实质审查没有发现驳回理由的，由国务院专利行政部门作出授予发明专利权的决定，发给发明专利证书，同时予以登记和公告。发明专利权自公告之日起生效。
