代为偿还土地出让款的还款协议不一定有效，要看第三人是否取得债务人的授权，是否经过债权人的同意。如果代为偿还人已取得债务人的书面授权，债权人也同意让第三人还款的，还款协议有效。
《中华人民共和国民法典》第五百五十六条
合同的权利和义务一并转让的，适用债权转让、债务转移的有关规定。
第五百五十一条
债务人将债务的全部或者部分转移给第三人的，应当经债权人同意。债务人或者第三人可以催告债权人在合理期限内予以同意，债权人未作表示的，视为不同意。
