擅自发行股票债券罪的处罚标准是对自然人犯此罪判处五年以下有期徒刑或者拘役的主刑，附加或者单处非法募集资金金额百分之一以上百分之五以下罚金；单位犯此罪的，对直接主管和责任人员按照自然人犯此罪的标准处罚，同时对单位处罚金。
《中华人民共和国刑法》第一百七十九条
未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法募集资金金额百分之一以上百分之五以下罚金。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。
