货物运输合同赔偿数额首先合同中具有约定条款的按照约定条款进行赔偿，如果双方没有进行赔偿的，那么则按照当事人由于违约所造成的损失进行赔偿。法律、行政法规对赔偿额的计算方法和赔偿限额另有规定的，依照其规定。
《中华人民共和国民法典》第八百三十三条
货物的毁损、灭失的赔偿额，当事人有约定的，按照其约定；没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算。法律、行政法规对赔偿额的计算方法和赔偿限额另有规定的，依照其规定。
第五百八十五条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
