医疗事故赔偿协议书应当写明以下内容：
1、当事人的姓名或者名称和住所；
2、医疗事故的原因和具体经过；
3、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及责任程度；
4、赔偿数额；
5、履行协议的期限和方式等。
《医疗事故处理条例》第四十六条
发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
第四十七条
双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
